R语言的immune_compare_stat.r如何使用

R语言的immune_compare_stat.r如何使用

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immune_compare_stat.r  免疫细胞表达差异比较

使用说明：

$ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r  -h  usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v                                                             celltype                                                             [celltype ...] -m                                                             filepath -g group                                                             [-b groupby]                                                             [-o path]                                                             [-n prefix]  t.test annova and wilcox.test: https://www.高防服务器网.com/article/1496  optional arguments:    -h, --help            show this help message and exit    -i filepath, --input filepath                          input alpha diversity celltype file[required]    -v celltype [celltype ...], --celltype celltype [celltype ...]                          which celltype to compare : "B cell" ...[required]    -m filepath, --metadata filepath                          input metadata file path[required]    -g group, --group group                          group name from metadata to test[required]    -b groupby, --groupby groupby                          main group name from metadata to test [default NULL]    -o path, --outdir path                          output file directory [default cwd]    -n prefix, --name prefix                          out file name prefix [default demo]

使用示例：

Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -i immu/ssgsea.res.tsv     -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust     --celltype "B cells"  "T cells" -o immu -n ssgse

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