haploview如何绘制曼哈顿图
haploview如何绘制曼哈顿图
这篇文章给大家分享的是有关haploview如何绘制曼哈顿图的内容。小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,一起跟随小编过来看看吧。
对于GWAS分析的结果,最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下
图中的每个点代表一个SNP位点,横坐标是SNP位点在染色体上的位置,纵坐标是关联分析计算出的p值。为了美观,不同染色体上的SNP位点用不同颜色标识。纵轴上的虚线代表阈值,p值越小,对应到纵轴的值越大。通常在阈值上方的SNP位点认为是和疾病或者形状相关联的位点。
曼哈顿图本质上就是一个散点图,绘制方法比较简单,有很多的R包可以直接出图,本篇主要介绍haploview
软件。 这个软件可以直接读取plink
关联分析的结果,然后绘制曼哈顿图。
在之前介绍了plink
关联分析的方法,根据输入的hapmap1.ped
和hapmap1.map
两个文件,最终可以得到一个allel水平的关联分析结果,文件名为as1.assoc
。haploview需要读取hapmap1.map
和as1.assoc
两个文件。
1. 导入数据
启动haploview
之后,选择PLINK Format
选项,Results File 选择关联分析的结果文件,可以是allel关联分析的后缀为.assoc
的文件,也可以是包含了genotype关联分析的后缀为.model
的文件;Map file 选择后缀为.map
的文件,当然也可以选择后缀为.bim
的二进制的map文件,选择好之后,点击OK即可。
2. 筛选数据
导入成功之后,可以看到如下所示的表格,这个表格里就是导入的关联分析的结果。红色方框标识的区域可以对关联分析的结果进行筛选,可以通过Chr
, Start Kb
, End kb
对染色体区域进行筛选,也可以通过Filter
对符合要求的SNP位点进行筛选。
3. 绘图
筛选好之后,点击Plot
按钮,设置绘图的参数。X轴肯定是Chromosomes
, Y轴通常选择P值,如果你有进行多重假设检验的校正,也可以选择校正之后的P值。scale
表示对y轴的值进行处理,有一下3种处理
-
untransformed
-
-log10
-
ln
一般情况下选择-log10
。Export to SVG
可以导出图片,格式为svg。
设置好之后,点击OK
就可以出图了。示例如下
由于测试数据的SNP位点比较少,最后的效果图并不是特别美观。
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